Antheia, Tralles, Ceasarec, Andropolis, Güzelhisar, Aydın Güzelhisarı, Aydın Eli ve AYDIN

             I.Beyazıt'ın "yıldırım" gibi düzenlediği seferlerle, Batı ve Orta Anadolu Beyliklerinin egemenliklerine son vermesi ve ülkelerini fethetmesi, 14.yüzyıl sonunda tüm Anadolu'da büyük bir huzursuzluğa ve çatışmalara yol açtı. Bu kargaşanın ve fetihlerin Doğu Anadolu'da Timur'un egemenlik alanına kadar yayılması ve bazı Anadolu beyliklerinin Timur'a sığınması, her iki hükümdarın birbirleriyle çekişmeye başlaması sonucu, güçlü imparator Timur 1402 yılında ordularıyla Anadolu üzerine yürüdü. Ankara'nın Çubuk ovasında yapılan savaşta, Beyazıt'ı yenerek esir alan Timur, Osmanlıların eline geçen tüm toprakları Anadolu beyliklerine geri verdi. Timur Aydın Eli'ni İsa Bey'in oğullarından Musa ve II.Umur Beylere bıraktı. Aynı hanedandan olan Cüneyd Bey hak iddia ettiyse de, ancak İzmir Beyliği'ni elde edebildi. Daha sonra II.Umur Bey'le anlaşan ve onun kızıyla evlenen Cüneyd Bey, 1405'de II.Umur Bey'in ölümü üzerine Aydın Eli'nin yönetimini tek başına üstlendi.

             I.Beyazıt'ın ölümü ve Timur'un Anadolu'dan çıkmasından sonra, şehzadeler; İsa, Musa, Süleyman ve Mehmet Çelebi saltanat çatışmalarına giriştiler. Ancak, Şehzade Mehmet Çelebi kardeşlerini yenilgiye uğratarak 1413 yılında hükümdar olunca, Anadolu Beyliklerini yeniden Osmanlı egemenliği altına alma seferlerini başlattı. Cüneyd Bey'ide yenerek yerine Şişman Aleksandır'ı atadı. Sultan Çelebi Mehmed'in ölümünü fırsat bilen Cüneyd Bey, Sultan Murat ile anlaşarak eski beyliğini yeniden eline geçirdi.

             Cüneyd Bey Aydın ve Saruhan bölgelerinde yeni bir beylik kurmak için girişimlere başlayınca bundan rahatsız olan Sultan Murat, onun üzerine Oruç Bey'i gönderdi. Başarı sağlayamayan Oruç Bey'in yerine atanan Hamza Bey Ceneviz gemileriyle işbirliği yaparak, Cüneyd Bey'in hükümdarlığını sona erdirdi. Bundan sonra Aydın Eli Osmanlı Birliği'ne katıldı ve Aydın Sancağı adı altında Anadolu Beylerbirliğine bağlandı.

             Aydın Sancağı, 16.yüzyılın sonlarında ve 17.yüzyılın başlarında hemen hemen bütün Anadolu'da görüldüğü gibi yerel ayaklanmalardan çok sıkıntılar çekti. Birçok olumsuzluklara rağmen Güzelhisar kenti, birönecki yüzyıla göre ekonomik ve kültürel olarak büyük bir gelişme göstermiştir. 18.  ve 19. yüzyıllarda imparatorluğun sınırlarında etnik ayrılıkçılık savaşları ile dış siyasi ve ekonomik baskılar artmış, vilayetlere merkezden vali atanması yerine, yerel beyler "ayan" olarak görevlendirilmiştir. Bu dönemde, Manisa ve Aydın'da Karaosmanoğulları, Koçarlı ve Aydın'ın bir bölümünde Cihanoğulları, Söke ve Kuşadası'nda İlyaszadeler, Çine ve Menteşe'de Hasan Çavuşzadeler, ayanlık döneminin en önemli aileleridir. Bu ailelerden bazılarının halkı kötü yönetmesi ve baskı kurması, halktan topladıkları ayni ve nakdi vergilerle feodal bir yapı oluşturması, "Atçalı Kel Memed" ayaklanması gibi bazı olaylara neden oldu. Bu dönemde Atçalı Kel Memed yönetimi ele geçirerek kendi adına mühür bile bastırdı. Efelik olgusu da bu dönemde daha belirginleşti. Merkezi otoritenin zayıflığından kaynaklanan Ayanlık, bir çok olumsuzlukları da beraberinde getirmiş oldu. 19.yüzyılın ikinci yarısından sonra dünya siyasi ve ekonomik konjonktüründeki büyük değişiklikler, Osmanlı İmparatorluğu'nu da etkiledi. Batı Avrupa'lı ve Rus Emperyalizminin ağır baskıları sonucunda imparatorluk çözülme sürecine girmiş oldu. 19.yüzyılda, Osmanlı İmparatorluğunda yaşanan köklü değişiklikler ve batı ile bütünleşme girişimleri sonucunda, üretim ve ticaret desteklenmeye başladı. Bu süreç içinde Osmanlı İmparatorluğunun ticari ilişkileri Yakın Doğu ve Asya'dan, Batı  Avrupa ve Birleşik Devletlere kaydı.

             Amerikan iç savaşının başlaması ile İngiliz tekstil sanayinde ortaya çıkan pamuk darlığı, yeni üretim yerleri bulunması zaruri hale gelmiş,  gözleri Batı Anadolu'daki verimli arazilere çevirmiştir. Bu büyük projenin devreye girmesiyle İzmir-Aydın arası demiryolu yapımı gündeme geldi. Robert Wilkin adlı bir İngiliz iş adamının başlattığı demiryolu inşaatı çeşitli zorluklara rağmen 1866 yılında 133 kilometrelik bölümüyle hizmete açıldı. Bu ulaşım hattı Menderes Vadisi için yeni bir dönemin başlangıcı oldu. Pamuk üretimi daha da  katlanarak arttı ve 1910 yılında, toplam devlet gelirlerinin % 15'ine ulaşmış oldu.